通勤交通費過払い返金

この度、フルタイムの在宅勤務をする者がいます。
6か月定期代を支給しております。
在宅勤務者には通勤交通費は支給せず、残期間分は返金すると規定しています。

ただ、今回のケースは対象者が嘱託社員であり月収が低い状態です。
通勤交通費の返金額よりも月収の支給額（社保料等控除後）が低い試算となります。
本人の同意が取れれば給与控除にて控除し、残り期間は次月の給与控除をしても問題ありませんか？


規程に記載されているなら、すみやかに返金してもらうのが原則です。
ただ、給与控除にするには労使協定等がないかぎり、「本人の同意」が必要になります。

労使協定がない場合です。
従業員の生活の安定を害さない程度の控除（相殺）は、認められるとする判例（最一小判昭44年12月18日：福島県教組事件）があります。
この判例では一部の手当の控除を認めているにすぎません。

ただ、本人の希望を最大限考慮して、そのうえで金額、給与控除の同意を得る手順が良いでしょう。